Best practice

Bayernflora

Import

Kuration im Vorfeld:

Am einfachsten ist der Import, wenn der Inhalt der Spalten konsistent ausgefĂŒllt ist und ohne Tippfehler vorliegt. Ein gutes Tool, um dies zu erreichen ist OpenRefine (https://openrefine.org/), mit dem man kostenlos große Datentabellen bereinigen kann.

Sinnvolle Korrekturen: Man kann auch in Excel die Daten vorbereiten. Je nach Tabelle und Zustand ist das einfacher. Zu beachten ist dabei

  • Datumsangaben werden von Excel gerne in Zahlen umformatiert und stimmen nicht mehr
  • Zahlenangaben (z.B. Koordinaten) werden mit Punkten nach 3 Stellen in den Zellen dargestellt. Beim Export als Unicode-Textdatei werden diese mit exportiert und verfĂ€lschen die Koordinaten.
  • Generell Vorsicht, da Excel Eingaben „selbstĂ€ndig“ Ă€ndert.
  • Hilfreich ist es, wenn Zahlenangaben (z.B. Datum und Koordinaten) als Textfeld formatiert sind. Einzelspalten fĂŒr Tag/Monat/Jahr hilft auch.

Import

Beim Import zu beachten: In der Bayernflora werden sowohl Beobachtungs- und Literaturdaten als auch Herbarbelege erfasst. Diese werden zum Teil unterschiedlich importiert. Beim Import ist es am einfachsten, wenn diese Daten vorher getrennt werden, damit man unterschiedliche Importschemata erstellen kann. Dazu in den Exceltabellen nach den jeweiligen daten filtern und diese als separate BlÀtter in der Tabelle abspeichern. Dann kann man diese leicht als separate .txt-files abspeichern. Immer das Unicode-Format (=UTF-8) beim Abspeichern auswÀhlen.

1. Beobachtungsdaten

Alle Beobachtungen, die an einem Ort von denselben Personen zur gleichen Zeit gemacht wurden, sollen als ein Event bzw. ein Specimen in der DC erfasst werden (kurz: ein Sammelevent = ein Specimen). Um dies zu erreichen, mĂŒssen das Event und die Personen sowie das Specimen „gemergt“ werden. Dazu fĂŒhren folgende Einstellungen im Import Wizard: Unter Merging auf merge stellen:

  • Event
  • Coordinates WGS84
  • MTB
  • Specimen
  • Agent (1 bis x)
  • Project Dazu mĂŒssen folgende Felder mit dem SchlĂŒssel zum Vergleich eingestellt werden:
  • Event - Event-Notes (hier werden alle Daten, die ein Event definieren, mit dem Vermerk „zu löschen“ davor, eingetragen. Im Allgemeinen sind dies: Fundort, Habitat, Datum, Sammler, MTB, Koordinaten. Mit Komma dazwischen oder Semikolon.)
  • LocalityDescription
  • Habitatdescription
  • Date and time - CollectionDates (alle)
  • CoordinatesWGS84 – Long und Lat
  • MTB (A, CH, D) - MTB und Quadranten
  • Specimen – Notes – InternalNotes [Hier werden ebenfalls alle in Event-Notes eingetragenen Daten eingetragen, damit ein Event auch ein Specimen wird. ZusĂ€tzlich ein Vermerk, woher die Daten kommen und um welchen Import es sich handelt z.B.: Import der Daten aus dem Deutschlandflora-Portal (App 3.0) vom (01.08.2025). Mit Komma und Semikolon getrennt, so dass man dies spĂ€ter gut lesen kann. Die Daten werden spĂ€ter nicht gelöscht.]
  • Agents – alle
  • Project Hat man dies korrekt eingestellt, erhĂ€lt man Importe wie diesen:

Weitere Tipps zum Import:

  • AccessionNumber – es wird keine eingetragen. Die von DC vergebene SpecimenID erscheint als AccessionNumber.
  • Date – falls vorhanden, als „von“ - „bis“ eintragen. Bei GBIF wird aber nur ein Datum ausgeliefert (das „von“-Datum). Datumsangaben, die unvollstĂ€ndig sind (man hat nur den Tag oder Monat) oder in Textform vorliegen, werden ins Feld „DateSupplement“ eingetragen. Nur Jahresangaben bzw. Monats- und Jahresangaben werden in die Datumsfelder eingetragen.
  • Habitat – Standort, etc. muss ggf. aus der Fundortbeschreibung im Vorfeld extrahiert werden.
  • MTB/Quadranten – MTB ist eine 4-stellige Zahl, der Quadrant ist 1- bis 3-stellig. Die Angaben mĂŒssen ggf. aufgesplittet werden. Wenn sie nicht vorhanden sind (nur Punktkoordinaten vorhanden), mĂŒssen diese auf Webseiten nachgeschlagen, mit Umrechner (unter [BAYFLORA]:\Daten\Import-Hilfen\ConvertCoordinatesToDecimal\ die ConvertCoordinatesToDecimal.exe ausfĂŒhren) errechnet oder in der Maintenance ergĂ€nzt werden (s. unter Maintenance). Die UnschĂ€rfe wird immer in Metern angegeben.
  • Koordinaten: mĂŒssen letztendlich in WGS84 vorliegen. Entweder Gauss-KrĂŒger-Koordinaten vorher mit Umrechner (s.o.) umrechnen oder in der Maintenance ergĂ€nzen. Auf das richtige Format und (wichtig!) auf die richtige Position des Kommas bzw. der Punkte achten, falls Excel die Zahlen neu interpretiert.
  • Country – Germany als Voreinstellung angeben
  • Named Area – hier wird der Landkreis eingetragen (z.B. Freising), aber nur, wenn es dazu eine separate Spalte in der Ausgangstabelle gibt. In DC wird fĂŒr den Landkreis VE – Verwaltungseinheit angegeben.
    • Import als Text:
      • Die Liste der Verwaltungseinheiten (als Anhang und unter [BAYFLORA]:\Daten\Import-Hilfen/ Verwaltungseinheiten.txt als separate Datei vorhanden) als Liste zum Übersetzen im Import Wizard nutzen.
      • Import als VerknĂŒpfung zum Gazetteer 2, falls die ID vorhanden ist:
  • Named Area 2 – NR – Naturraum
  • Named Area 3 – Toponym
  • Named Area 4 – Biotop
  • Named Area 5 – zur freien VerfĂŒgung
  • Analysen – Der floristische Status und validierte Fundortmeldungen werden als Analysen importiert.
    • Floristischer Status:
      • AnalysenID = 2, bzw. im Import wizard auswĂ€hlen
      • AnalysenNumber = 1 fĂŒr das original, 2 fĂŒr zugeordnet
      • AnalysenResult = nur der Buchstabe bzw. die Zahl
      • Notes = „Status original“ oder „Status zugeordnet“

Zuordnung des Status bei unklaren Angaben in der Importtabelle

Status in Importtabelle Zugeordneter Status
U(T) T
U(T?) T
U/T T
S? S
K/U? K

  • K (Kulturpflanze) muss immer eingetragen werden. Diese EintrĂ€ge werden standardmĂ€ĂŸig nicht veröffentlicht. Sollten nur Statusangaben mit Fragezeichen importiert werden, so können diese in der Karte nicht angezeigt werden.

  • Wichtig: Status 99 bedeutet gelöscht. EintrĂ€ge in der DC werden nicht physisch gelöscht, sondern durch das Setzen des Status 99 nicht mehr angezeigt.

  • Eine Übersicht der Statusangaben und ihrer Symbole hĂ€ngt an.

    • Validierte Fundmeldungen: gibt es zu den Beobachtungen genetische Untersuchungen oder zusĂ€tzliche Belege wird die Richtigkeit dieser EintrĂ€ge durch eine validierte Fundmeldung („Sternchen“-EintrĂ€ge in der Druck-Flora) gekennzeichnet. Diese werden nur bei einzelnen wichtigen und bestimmungskritischen Arten vergeben (z.B. Hieracium und Oenothera). Der Eintrag ist in der Importtabelle immer als separate Spalte ausgewiesen oder muss als solche eingerichtet werden.
      • AnalysenID = 14, bzw. im Import wizard auswĂ€hlen
      • AnalysenNumber = immer 1
      • AnalysenResult = C fĂŒr flowcyt (Chromosomenanalysen) B fĂŒr Beleg

  • Units – Anzahl der Pflanzen in Zahlen. Gibt es Textangaben (viele, wenige, ca., <, >) mĂŒssen die das Feld des Unit-Modifiers eingetragen werden, in das Unit-Feld dĂŒrfen nur Zahlenwerte.

  • Identificationen: kurz: alle in der Importtabelle vorhandenen plus eine zusĂ€tzliche importieren

    • Es werden immer mindestens zwei Identifications eingetragen. Die zusĂ€tzliche Identification (entspricht beim Import der letzten vorgenommenen Identification in der Importtabelle), wird in der Maintenance dann mit der TaxRef verknĂŒpft. Dabei Ă€ndert sich meistens der Name. Damit die Bestimmungshistorie sauber nachvollzogen werden kann, muss der letzte Name noch vorhanden sein.
    • Selten wird nur eine eingetragen (die Daten aus DiversityMobile und falls schon die TaxRef-Nr. angegeben ist).
    • Einstellungen fĂŒr die 1. oder Original-Identifikation:
      • Eintrag wie in Importtabelle
      • Responsible: nur wenn eine Person explizit angegeben ist
      • IdentificationSequence: 1
      • IdentificationCategory: det. (falls angegeben) Vorsicht: muss der Angabe in DC entsprechen, ggf. mit Translate beim Import ĂŒbersetzen lassen
      • IdentificationQualifier: cf. etc: immer separat eintragen, wenn dies angegeben ist. Die so bestimmten EintrĂ€ge werden nicht ausgeliefert, da die Bestimmung zu unsicher ist.
      • Notes: „Taxon original“
      • Falls die TaxRef-Id angegeben ist: diese entspricht der ID in der tnt-Instanz. Import als NameURI. Als Pre „http://tnt.diversityworkbench.de/TaxonNames_Plants/“ eintragen. Achtung: diese EintrĂ€ge mĂŒssen spĂ€ter in der Maintenance synchronisiert werden.
    • Einstellung fĂŒr die 2. Bis x.te Identification
      • Eintrag wie in der Importtabelle, in chronologischer Reihenfolge
      • IdentificationSequence: 2 und höher (je höher die Sequence, desto aktueller ist die Bestimmung). Die letzte Bestimmung wird ganz oben eingetragen und als „last identification“ ĂŒbernommen.
      • IdentificationCategory: det. oder rev. falls angegeben (muss dem Eintrag in DC entsprechen, ggf. beim Import ĂŒbersetzen lassen)
    • Einstellung fĂŒr die letzte (zusĂ€tzliche) Identification
      • Eintrag wie die letzte in der Importtabelle
      • IdentificationSequence: die höchste vergebene Zahl
      • Notes: „Taxon TaxRef“ Sonderfall: “p. p."-FĂ€lle sind in der Regel so, dass es zwei gleich lautende Namen gibt, die aber unterschiedliche Bedeutung haben. Sie sollten nach Möglichkeit nicht verwendet werden und daher in der Synonymie anderer gĂŒltiger Taxa verschwinden, die sich unterscheiden mĂŒssen. Erst wenn sich die zugehörigen gĂŒltigen Taxa nicht unterscheiden, dann ist etwas faul. Diese FĂ€lle mit dem Kurator fĂŒr die Taxa absprechen.

  • Identifier: manchmal werden den einzelnen Pflanzen Identifier zugeordnet oder es gibt IDs aus anderen Datenbanken, die dort eingetragen werden (z.B. bei DiversityMobile-Daten)

  • Collector/Beobachter/Kartierer/ Sammler

    • Namen auftrennen, so dass immer nur ein Sammler pro Agent eingetragen wird
    • So viele Agents anlegen, wie vorhanden sind.
    • Werden spĂ€ter mit DiversityAgents verknĂŒpft, dadurch werden die Namen sauber eingetragen.
    • Trotzdem die Namen relativ sauber importieren. Macht das VerknĂŒpfen einfacher und nicht in DivAgents eingetragene Namen (die nur ein oder zwei Beobachtungen gemacht haben), werden trotzdem sauber im BIB angezeigt.
    • Angabe „vfr“ – entspricht „verantwortlich“, wird nur bei Notes des Sammlers eingetragen

  • Internal Notes: Eintrag wie bei den Event-Notes (also alle Angaben, die ein Event definieren), zusĂ€tzlcih das Datum des Importes und die Quelle

  • External datasource – muss immer angegeben werden. FĂŒr die meisten FĂ€lle (Sammler, grĂ¶ĂŸere Projekte, etc.) ist schon eine angelegt. FĂŒr kleinere Projekte und EinzeleintrĂ€ge werden „Einzelangaben und kleinere Datenprojekte 
“ verwenden. Wichtig: Es wird kein Part angelegt, da es keine sammlungsspezifischen Daten gibt.

2. Herbarbelege

Die Herbarbelege werden im Gegensatz zu den Beobachtungen als EinzeleintrĂ€ge angelegt, also ein Herbarbeleg = ein Specimen. Es muss also kein Eintrag auf merge gestellt werden, alle Angaben stehen auf „insert“. DafĂŒr wird zusĂ€tzlich ein Part angelegt, in dem die sammlungsspezifischen Angaben festgehalten werden. Die Importe gehen viel schneller, da nicht die gesamten Daten abgeglichen werden mĂŒssen. Im Folgenden werden nur Unterschiede zu den Beobachtungsdaten aufgefĂŒhrt. Die allermeisten EintrĂ€ge (Orte, Identificationen, etc.) sind wie bei den Beobachtungsdaten. ZusĂ€tzlich werden folgende Angaben eingetragen:

  • Part: anlegen und UnitInPart anhaken (sonst wird dem Part keine Unit/Bestimmung zugeordnet)
  • Signatur / Belegnummer / Herbarnummer etc. – als AccessionNumber eintragen (auch im Part)
  • Material category – immer „herbarium sheets“
  • Storage location: - die letzte Identification
  • Depositor – falls die Belege eine Herbargeschichte hinter sich haben.
  • Collection – das Herbar wird als collection eingetragen. Dazu muss das HerbarkĂŒrzel (z.B. M) beim Import ĂŒbersetzt werden. Es gibt eine Liste der bekannten Herbare und ihrer Ids in DC: [BAYFLORA]:\Daten\Import-Hilfen\Collection_Akronyms_BFL.txt. Kleinere noch nicht vorhandene Herbare (Sammlerherbare) werden als „privatHerbar“ eingetragen. Fehlende grĂ¶ĂŸere Herbarien in „collections“ nachtragen. Dazu im Verzeichnis der internationalen HerbarkĂŒrzel im Index Herbariorum (https://sweetgum.nybg.org/science/ih/ ) nachschlagen.
  • Exsiccata – falls vorhanden, bei Pre: http://id.snsb.info/Exsiccatae/ vor die ID setzen, Nachschlag der richtigen ID in der DiversityExsiccatae.

3. Literaturdaten

Die Literaturnachweise werden wie Herbarbelege als Einzeldaten eingetragen. ZusĂ€tzlich wird die Reference eingetragen. Dazu vorher diese in DivReferences nachschlagen oder neu eintragen, falls noch nicht vorhanden. In der Importtabelle die RefID als zusĂ€tzliche Spalte anlegen. Beim Import „http://bfl.diversityworkbench.de/References_BayernFlora/“ als Pre davor einfĂŒgen. Alle weiteren Angaben wie zuvor beschrieben.