Best practice

Artefact collection

Unter Artefakt wird in der DWB ein künstlich erstelltes Objekt verstanden, e.g. ein Kunstwerk, ein Werkzeug, ein Organismus oder die Nachbildung eines Organs.

Involved Modules:

• Collection

Beispielsweise eine Sammlung mit Modellen von Organen etc. oder prähistorische Werkzeuge

• Details zur Erstellung und zum Material des Artefakts werden in → Processing verwaltet.
• Details zum Erwerb, Kaufpreis etc. des Artefakts werden in → Transaction verwaltet.
• Discovery of the artefact of the artefact are handled in the → CollectionEvent
• Discoverer of the artefact are handled in the → CollectionAgent
• Related terminologies
  • If the artefact is related to a biological organism the taxonomy is handled in → DiversityTaxonNames
  • Other aspects of the artefact, e.g. the cultural period or the systematic of a molded bone can relate to terms in → DiversityScientificTerms

Related terminologies

Auch für die Modelle sollten, sofern anwendbar, die verwendenden Namen mit den entsprechenden Quellen in DiversityTaxonNames beziehungsweise DiversityScientificTerms verknüpft werden. Ein Beispiel wäre ein Abguss eines Knochens wobei sich das Taxon auf DiversityTaxonNames bezieht und der Knochen selbst auf einen Begriff in DiversityScientificTerms bezieht. Die Einordnung eines Kunstwerks, e.g. Barock kann ebenfalls über DiversityScientificTerms erfolgen.

Herstellung

Die Herstellung und das Material des Abgusses werden in Processing dokumentiert.

Fundkontext

Handelt es sich um ein Objekt das an einem bestimmten Ort aufgefunden wurde, so kann der Ort und sofern relevant der geologische Kontext über das Sammelereignis charakterisiert werden.

graph TD;
    Artefact -->| creation | Processing
    Artefact --> | acquisition | Transaction
    Artefact --> description{Related<br/>terminology}
    description --> | biological objects |DTN[DiversityTaxonNames]
    description --> | cultural objects<br/>parts of biological objects|DST[DiversityScientificTerms]
    Artefact --> | discovery | CollectionEvent
    Artefact --> | discoverer | CollectionAgent

Best practice

Collection in containers

Involved Modules:

• Collection

• Taxon names
• Scientific terms

Ein Beispiel wäre eine Sammlung von Knochen, Mineralien oder ein Insektenkasten mit genadelten Insekten. Dabei ändert sich die Position der einzelnen Objekte innerhalb des Containers nicht. So liegt beispielsweise jeder Knochen in einem separaten Gefäß in der Schublade. Damit kann der Zustand des Containers mit allen darin befindlichen Objekten erfasst werden (s. Kapitel Sammlungsplan). Die Position der Objekte kann anhand einer Abbildung erfasst werden. Sollte sich eine Position ändern wird der neue Zustand mittels einer neuen Abbildung erfasst. Der vorherige Zustand bleibt als Backup erhalten.

---
title: Collection in containers
---
graph TD;
    Container(Container) -->| capture image for a plan | CollectionPlan[Plan of container]
    CollectionPlan --> | record position of objects | Objects
    Container --> | contains objects | Objects
    Container -->  Rearrange{Rearrange<br/>objects}
    Rearrange --> | new plan of container | CollectionPlan
    Rearrange --> | backup for previous plan | CollectionImage

Best practice

Core samples

Involved Modules:

• Collection
• Agents
• Taxon names
• Scientific terms
• Sampling plots

Eine Sammlung von Bohrkernen von e.g. Gesteinen, Eis oder Bäumen

• Namen mit Verweis auf die Datenbank ScientificTerms oder TaxonNames.
• Analysen zur Charakterisierungen einzelner Schichten mit e.g. Mineralen
• Fundstellen wie Steinbrüche, Bergwerke, Gletscher, Waldparzellen etc. in SamplingPlots

Für Mineralien und Gesteine kann man zunächst im Modul DiversityScientificTerms die Namen erfassen. Für die Gesteine kann man wie im Kapitel Dependency beschrieben auch abhängige Terminologien erfassen. Diese lassen sich dann als abhängige Bestimmungen wie im Kapitel Supplementary identification verwenden.

Die Informationen zu den Fundorten lassen sich entweder in DiversityCollection und/oder in DiversitySamplingPlots erfassen.

Die unterschiedlichen Schichten innerhalb des Bohrkerns werden als Teilsample des Bohrkerns erfasst. Dabei kann ein Unit in mehreren Teilsamples vorhanden sein.

Einordnung in Datenbank

• CollectionEvent: Bohrung mit Zeit (von - bis), …
  • CollectionEventLocalisation:
    • Ort
    • Koordinaten
    • Gesamttiefe
    • …
  • CollectionEventMethod:
    • Spülung
    • Bohrkrone
    • …
  • CollectionSpecimen: Bohrkern
  • …
  • CollectionSpecimen: Bohrkern
    • CollectionAgent: Institut, …
    • IdentificationUnit: Abschnitt (e.g. Kreide)
      • IdentificationUnitAnalysis: Analysen
        • Tiefe
        • Alter
        • …
      • IdentificationUnit: Mineral
    • Collection: Sammlung, Lagerung, …
      • CollectionSpecimenPart: Bohrkern
        • CollectionSpecimenPart: Probe
          • IdentificationUnitInPart: Mineral
            • IdentificationUnitAnalysis: Analysen
              • Datierung
              • …
          • CollectionSpecimenProcessing:
            • Säureaufschluss
            • CollectionSpecimenProcessingMethod:
              • Konzentration
              • …
            • IdentificationUnit: Fossil
          • CollectionSpecimenPartDescription: Stratigraphie
      • Transaction: Bohrung
        • TransactionAgent: Firma
        • TransactionPayment: Kosten der Bohrung
        • TransactionDocument: Vertragsdokumente zur Bohrung

Best practice

DNA samples

Involved Modules:

• Collection
• Taxon names

Eine Sammlung von DNA Proben mit

• Entnahme von Teilproben (s. Kapitel Sammlungsobjekte)
• Verzeichnis der Restmenge an DNA
• Verweis auf das zugehörige Taxon (s. Kapitel Bestimmung)
• Angabe über Art und Ort der Lagerung (s. Kapitel Sammlung)
• Methodik und Ergebnisse von Sequenzierungen (s. Kapitel Prozessierung)
• Verweis auf internationale Register (s. Kapitel Beziehungen)

Die Objekte von denen DNA extrahiert wird werden gekennzeichnet (e.g. Label an einem Fisch aus einem Gefäß mit mehreren Exemplaren). Die DNA-Probe wird als abhängig vom entsprechenden Objekt in der Datenbank eingetragen. Methodik etc. werden mit dem Eintrag für die DNA verknüpft. Teilproben aus der DNA-Probe werden als abhängige Datensätz der DNA-Probe eingetragen.

graph TD;
    Sample[Sample e.g.<br/>Taxon,<br/>soil,<br/>waterbody]
    DNA[Mastersample of DNA]
    Analysis[PCR analysis]
    Methods[Methods used for PCR]
    DnaSubsample[Subsample of DNA]

    Sample -->| Extraction of DNA | DNA
    DNA --> | removal of subsample | DnaSubsample
    DNA --> | Analysing DNA | Analysis
    Methods --> Analysis
    Analysis --> Taxa

Best practice

Herbaria

Involved Modules:

• Collection
• Taxon names

Verwaltung eines Herbars

• Eingang, Verleih etc. von Belegen
• Bestimmung der Taxa
  • Neubestimmung e.g. nach Ausleihe an Spezialisten
• Erfassung der Sammlungsdaten
• Ablage in Herbar und Erfassung des Orts in der Sammlung
• Behandlung von Belegen e.g. Für IPM
• Erfassung und Dokumentation von Schäden

graph TD;
    Plant[Plant collected<br/>during expedition]
    Expedition[Expedition with<br/>Route, time etc.]
    Sammler[An der<br/>Aufsammlung<br/>beteiligte Personen]
    Sammlung[Zeit und Ort<br/>der Aufsammlung<br/>eines Objekts]
    Erfassung[Erfassung im Herbar,<br/>e.g. Belegnummer etc.]
    Best[Bestimmung des Taxons]

    Expedition -->| Einzelner Sammlungspunkt während der Expedition | Sammlung
    Sammlung --> | Aufsammlung eines Objekts | Plant
    Plant --> | Überführung in Herbar | Erfassung
    Sammler --> Plant
    Plant --> Best

Best practice

Identification Key

Involved Modules:

• Descriptions
• Taxon names

Beispiel anhand von DD oder DTN

Best practice

Institution

Involved Modules:

• Agent

• Verwaltung der Adressen
• Hierarchischer Aufbau

Best practice

Integrated pest management

Involved Modules:

• Collection
• Taxon names

Beispiel für IPM

• Erfassung der Räumlichkeiten einer Sammlung
• Fallen
  • Erfassung der Standorte der Fallen
  • Erfassung der Kontrolle der Fallen
  • Erfassung der gefundenen Schädlinge
• Sensoren (Temp., Feichte, …)
  • Erfassung der Standorte von Sensoren
  • Erfassung der Werte
• Massnahmen
  • Typ der Massnahme
  • Zeit und Ort der Massnahmen
• Schäden
  • Erfassung geschädigter Objekte
  • Erfassung der Schädlinge

Best practice

Loan transactions

The Loan Transactions section of DiversityCollection provides a solution for managing and documenting all aspects of loaned objects. This feature enables you to handle every stage of the loan process.

Within the Loan Transactions, you can:

• Create and manage new loans.
• Utilize customizable letter templates, including loan slips, reminders, dunning letters, acknowledgments of receipt, and more.
• Record and track forwarded items.
• Manage returns and document any damages for future reference.
• Generate statistics to analyze loan activities.

Involved Modules of the DiversityWorkbench framework are:

• DiversityCollection
• DiversityAgents

This chapter outlines the recommended best practices for managing loan transactions within our software. It is divided into the following steps

• Prerequisites: All steps that must be completed before you can start a loan process.
• Create a new loan: Initiating a loan, specify contact information, set loan conditions, list the requested objects, prepare a cover letter.
• Record the returns of the loans: Document the return of loaned objects, write acknowledgements of receipt.
• Create reminders and dunning letters: Documentation of expired loans and reminders.
• Document and manage forwarding: Record and document forwarded loans.

For further information, see the chapter Loan in the module DiversityCollection.

Prerequisites

• DiversityAgents: The institution/lender and the borrowing institution must both be managed in DiversityAgents and have addresses stored there. The address information is used for creating letters, etc. For information on creating a new institution or person in DiversityAgents, see the Chapter Add a new Instituition/Agent of the module DiversityAgents. For information on adding an institution’s address information, see Chapter Contact Data.
• DiversityCollection: Unlike the other data, the user authorizations for loans are not managed via projects but rather via assignment to collections. A prerequisite for processing loans is the role CollectionManager or Administrator. This means, the user handling the loans must have the role of Collection Manager or Administrator for the collection whose objects are being loaned. For more information on handling collections in DiversityCollection see the Collection chapter.

Create a new loan

To open the loan management window, select Transaction Management → Transaction… from the Administration menu in the main window (see Screenshot below).

A new window will open. Here, you can manage all transactions of different types.

1. To add a new loan, click the button with the white sheet (see point 1 in the screenshot).

2. A first dialog window appears in which you must select the administrating collection in which the requested objects are located (see point 2 in the screenshot).

   

3. Another dialog box will appear where you must select the transaction type. In our case, this is “Loan” (see image below).

   

4. In the next dialog box you have to enter the name of the transaction. In our example it is “TestAusleihe”.

   

5. The new loan transaction is created.

6. There are some required fields. The first two are pre-filled after creation (see points 1 and 2 in the image below).

7. Next, you need to enter the “From” and “To” institutions. The “From” field contains the institution/agent from which the objects are borrowed. The “To” field contains the receiving institution. These fields will be linked to the DiversityAgents module to obtain the address information for the letters.

8. To do so, click the “Ammonite” button next to the fields (see step 3).

   

9. A query window for DiversityAgents will open. There you can query the institutions/agents. Confirm with OK.

   

10. You can see the linked “From” and “To” fields (see point 1 and 2 in the image below).

11. Next, you need to enter a start and end date for the loan (see the point 3 in the image below). The duration can be extended if necessary either within specified ranges using the ▿ button or by setting the date manually.

12. Don’t forget to save your entries. Click the Save button (see point 4 in the image below).

    

Next we will add the requested object to the loan and create a cover letter.

Generate a loan slip

To enter the requested objects and create a cover letter, we switch to the “Sending” tab (see image below). To add the accession numbers, you can either scan the barcode or enter the accession numbers manually.

1. To scan, right-click the red field (see step 1) and then scan the barcode . The accessionnumber of your object will be automatically added to the red list.

2. If you don’t have a barcode scanner, you can enter and select the accessionnumber of your object in the field below (see step 2).

3. The objects selected for loan are displayed in the red list.

3. To create a cover letter, which lists all requested objects, you first need to select a schema. To do this, click the folder button (see point 4 in the image above). We provide a few predefined xslt schemas with the DiversityCollection software. However, you can also create your own. In this example, Sending.xslt was selected.

4. To create and see a preview of the cover letter click on the preview button (see point 5 in the image above).

5. You will be asked if you want to save the cover letter. You can access saved documents at any time via the “ Saved Documents” tab.

6. A preview of the cover letter is shown. To print it, click on the printer button (see image below).

   

Record the returns of the loans

After the loan is partially or completely returned, the accession numbers and their barcodes are scanned and added to the list of returned receipts. Furthermore, a letter confirming receipt of the return is issued.

Create a return transaction

1. To enter a return, a new object is created in the transaction tree. To do this, select the transaction for which the return is being made (see point 1 in the image below).

2. Click the “New” button (see point 2 in the image below).

   

3. A dialog opens. Select “return” from the drop-down menu.

   

4. In the next dialog, enter a name for the return transaction.

   

5. Then click on the newly created return transaction in the tree (see point 3 in the image below). At the bottom, you will see the tabs for entering your return (see point 4 in the image below).

   

Add returned objects to the list

To add the returned accession numbers, you can either scan the barcode or move the accession numbers manually.

1. To add the returned accession numbers to the return transaction list, you must switch to the ‘Return’ tab (see point 1 in the image below).

2. To manually move the accession numbers, select the returned items in the red field. Move them to the green ‘Return List’ by clicking the down arrow button (see point 2 and 3 in the image below).

3. If you are using a barcode scanner, click in the red field below the green loan list (see point 3 in the image below) and scan your barcodes.

   

4. The returned accession numbers are listed in the green ‘Return List’ field (see image below).

   

Create an acknowledgements of receipt

1. To create an acknowledgements of receipt, which lists all returned objects, you first need to select a schema. To do this, click the folder button (see point 1 in the image below). We provide a few predefined xslt schemas with the DiversityCollection software. However, you can also create your own. In this example, Return.xslt was selected.

2. To create and see a preview of the acknowledgements of receipt click on the preview button (see point 2 in the image below).

3. You will be asked if you want to save the cover letter. You can access saved documents at any time via the “ Saved Documents” tab.

4. A preview of the acknowledgements of receipt is shown. To print it, click on the printer button (see point 3 in the image below).

   

Create reminders and dunning letter

Create a reminder for the acknowledgements of receipt

After the loan has been sent, a letter can be created requesting confirmation of receipt of the loan.

1. To create a confirmation letter listing all borrowed items, you must first select the transaction for which the confirmation letter is being made (see point 1 in the image below).

2. Switch to the Confirmation tab (see point 2 in the image below).

3. To create a confirmation letter, you must first select a scheme. To do this, click the folder button (see point 3 in the image below). We provide a few predefined xslt schemas with the DiversityCollection software. However, you can also create your own. In this example, ConfirmationReceiver.xslt was selected.

4. To create and see a preview of the letter click on the preview button (see point 4 in the image below).

5. You will be asked if you want to save the confirmation letter. You can access saved documents at any time via the “ Saved Documents” tab.

6. A preview of the confirmation letter is shown. To print it, click on the printer button (see point 5 in the image below).

   

Create a dunning letter

After the loan has expired, a reminder letter can be created.

1. To create a reminder letter listing all borrowed items, you must first select the transaction for which the reminder letter is being made.

2. Switch to the Reminder tab (see point 1 in the image below).

3. To create a reminder letter, you must first select a scheme. To do this, click the folder button (see point 2 in the image below). We provide a few predefined xslt schemas with the DiversityCollection software. However, you can also create your own. In this example, ConfirmationReceiver.xslt was selected.

4. To create and see a preview of the letter click on the preview button (see point 3 in the image below).

5. You will be asked if you want to save the reminder letter. You can access saved documents at any time via the “ Saved Documents” tab.

6. A preview of the reminder letter is shown. To print it, click on the printer button (see point 4 in the image below).

   

Document and manage forwarding

If the borrower requests forwarding, this can be entered into the database and a letter of approval can be created.

Create a forwarding transaction

1. To enter a forwarding, a new object is created in the transaction tree. To do this, select the transaction for which the forwarding is being made (see point 1 in the image below).

2. Click the “New” button (see point 2 in the image below).

   

3. A dialog opens. Select “forwarding” from the drop-down menu.

   

4. In the next dialog, enter a name for the forwarding transaction.

5. Then click on the newly created forwarding transaction in the tree (see point 3 in the image below). At the bottom, you will see the tabs for entering your forwarding (see point 4 in the image below).

   

Add forwarding objects to the list

1. To add the forwarding accession numbers to the forwarding transaction list, you must switch to the ‘Forwarding’ tab (see point 1 in the image below).

2. To move the accession numbers, select the items you want to forward in the red field. Move them to the blue ‘Forward List’ by clicking the down arrow button (see point 2 and 3 in the image below).

3. The forwarded accession numbers are listed in the blue ‘Forward List’ field (see image below).

   

Creation of a confirmation for Forwarding

1. To create a confirmation for Forwarding, which lists all forwarded objects, you first need to select a schema. To do this, click the folder button (see point 1 in the image below). We provide a few predefined xslt schemas with the DiversityCollection software. However, you can also create your own. In this example, Forwarding.xslt was selected.

2. To create and see a preview of the confirmation click on the preview button (see point 2 in the image below).

3. You will be asked if you want to save the confirmation letter. You can access saved documents at any time via the “ Saved Documents” tab.

4. A preview of the confirmation is shown. To print it, click on the printer button (see point 3 in the image below).

   

Illustration of the loan workflows

graph TD;
    Anfrage[Anfrage<br/>externer<br/>Sammlung]
    Belege[Belege<br/>in Sammlung]
    Leihe[Leihe mit Belegen]
    Begleit[Begleitschreiben]
    Dauer[Dauer der Leihe]
    Mahnung[Mahnschreiben]
    Ruecksendung[Rücksendung]
    Empfang[Erstellung von<br/>Empfangsbestätigung]
    Adresse[Adressen aus<br/>DiversityAgents]
    Bestimmung[Bestimmung<br/>durch Spezialisten]

    Anfrage -->| Eingang von Leihanfrage | Leihe
    Belege --> | Zusammenstellung der Belege | Leihe
    Leihe --> | Erstellung von Begleitscheiben | Begleit
    Leihe --> | Abruf der Adresse | Adresse
    Adresse --> Begleit
    Adresse --> Mahnung
    Leihe --> Dauer
    Dauer --> | Überschreitung des Rückgabedatums | Mahnung
    Leihe --> Ruecksendung
    Ruecksendung --> Empfang
    Ruecksendung --> Bestimmung

Best practice

Mineral collection

Involved Modules:

• Collection
• Scientific terms
• Sampling plots

Eine Sammlung von Mineralien, Gesteinen etc.

• Namen mit Verweis auf die Datenbank Scientific Terms.
• Analysen zur Charakterisierungen einzelner Minerale etc.
• Fundstellen wie Steinbrüche, Bergwerke etc. in SamplingPlots

Die Informationen zu den Fundorten lassen sich entweder in DiversityCollection und/oder in DiversitySamplingPlots erfassen.

Best practice

Observation plot

Involved Modules:

• Collection
• Plots

Hierzu gibt es 2 typische Beispiele:

Objects stay in plot

• Eine Probefläche im Wald mit Baumnummern
  • Hierbei bleiben die Objekte, in diesem Fall die Bäume, an Ort und Stelle und es werden nur Teile davon entnommen und in die Sammlung überführt
  • ID der Objekte → Unit → UnitIdentifier
  • Entnahmen von Proben wie Bohrkernen → DiversityCollection → Part
    • Erfassung des Zeitpunkt der Probenamen → DiversityCollection → Part → PreparationDate
  • Kontinuierliche Erfassung der Durchmesser → DiversityCollection → Analysis
  • Leeres Specimen → Enthält alle Bäume (= Units) der Probefläche
    • Verweis auf leeren Event → Verweis auf DiversitySamplingPlots
  • Erfassung der geographischen und bodenkundlichen Daten → DiversitySamplingPlots

    graph TD;
        Object[Object<br/>=<br/>IdentificationUnit] -->| charaterize | Unit[Unit identifier]
        Object --> | record position of objects | DiversitySamplingPlots
    

Objects are collected

• Probeflächen mit Fallen die regelmäßig kontrolliert werden
  • Hierbei werden die in den Fallen gefundenen Organismen in die Sammlung überführt
  • ID der Objekte → Specimen → AccessionNumber
  • Erfassung des Zeitpunkt der Probenamen → DiversityCollection → Event
    • Verweis auf DiversitySamplingPlots
  • Erfassung der geographischen und bodenkundlichen Daten → DiversitySamplingPlots

    graph TD;
        Object[Object<br/>=<br/>CollectionSpecimen] -->| charaterize | Specimen[Accession number]
        Trap[Trap<br/>=<br/>Plot] --> | record position of trap | DiversitySamplingPlots
        Trap --> | contains | Object
    

Best practice

Observations

Involved Modules:

• Collection
• Sampling plots
• Taxon names

Werden einzelne Objekten zu Absicherung der Bestimmung gesammelt so werden diese in einer Sammlung aufgenommen.

Bei Kartierung von Biotopen können diese auf DiversitySamplingPlots oder DiversityGazetteer verweisen.

In der Datenbank werden für die nicht gesammelten Arten für einen Sammelpunkt ein zentrales Specimen ohne Daten angelegt. Für gesammelte Objekte wird jeweils ein Specimen mit Verweis auf das gleiche Sammelereignis angelegt.

Best practice

Palaeontological collection

Involved Modules:

• Collection
• Sampling plots
• Taxon names
• Scientific terms

Beispiel anhand der Paläontologischen Sammlung zum Beispiel mit Platte und Gegenplatte, Verweis auf Strategrafien in Scientific Terms et cetera

Best practice

Project

Involved Modules:

• Project Project Typisches Beispiel: ein Project, Mitarbeiter, Dokumente dazu.
• Verwaltung der Publikationen etc.
• Hierarchischer Aufbau

Best practice

Wet collection

Involved Modules:

• Collection
• Taxon names